title

روش سطح پاسخ در مطالعه داکینگ مولکولی ترکیبات غیرپپتیدی مهار کننده آنزیم بتا-سکرتاز

رزاقی اصل, نیما ، میری, رامین ، عبادی, احمد ، ادراکی, نجمه ، مهدی پور, احمد رضا ، شهابی پور, سارا (1391) روش سطح پاسخ در مطالعه داکینگ مولکولی ترکیبات غیرپپتیدی مهار کننده آنزیم بتا-سکرتاز. Journal of Molecular Modeling ــ 18 (10). ص.ص.4567-4576. شاپا 1610-2940

متن کامل

[img]
پیش نمایش
متنی - نسخه چاپ شده
317kB

آدرس اینترنتی رسمی : http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00894-...


عنوان انگليسی

Response surface methodology in docking study of small molecule BACE-1 inhibitors

خلاصه انگلیسی

Computational evaluation of ligand-receptor binding via docking strategy is a well established approach in structure-based drug design. This technique has been applied frequently in developing molecules of biological interest. However, any procedure would require an optimization set up to be more efficient, economic and time-saving. Advantages of modern statistical optimization methods over conventional one-factor-at-a-time studies have been well revealed. The optimization by experimental design provides a combination of factor levels simultaneously satisfying the requirements considered for each of the responses and factors. In this study, response surface method was applied to optimize the prominent factors (number of genetic algorithm runs, population size, maximum number of evaluations, torsion degrees for ligand and number of rotatable bonds in ligand) in AutoDock4.2-based binding study of small molecule β-secretase inhibitors as anti-alzheimer agents. Results revealed that a number of rotatable bonds in ligand and maximum number of docking evaluations were determinant variables affecting docking outputs. The interference between torsion degrees for ligand and number of genetic algorithm runs for docking procedure was found to be the significant interaction term in our model. Optimized docking outputs exhibited a high correlation with experimental fluorescence resonance energy transfer-based IC50s for β-secretase inhibitors (R2 = 0.9133).

نوع سند :مقاله
زبان سند : انگلیسی
نویسنده اول :نیما رزاقی اصل
نویسنده مسئول :رامین میری
نویسنده :احمد عبادی
نویسنده :نجمه ادراکی
نویسنده :احمد رضا مهدی پور
نویسنده :سارا شهابی پور
ضریب تاثیر و نمایه مجلات:2013 Impact Factor : 1.867 Abstracted/Indexed in : Science Citation Index Expanded (SciSearch), Journal Citation Reports/Science Edition, PubMed/Medline, SCOPUS, EMBASE, Chemical Abstracts Service (CAS), Google Scholar, EBSCO, CSA, CAB International, Academic OneFile, Academic Search, AGRICOLA, CAB Abstracts, CSA Environmental Sciences, Current Contents/ Life Sciences, Current Contents/Physical, Chemical and Earth Sciences, EMBiology, Gale, Global Health, OCLC, Referativnyi Zhurnal (VINITI), SCImago, Summon by ProQuest
کلیدواژه ها (فارسی):آلزایمر، بتا-سکرتاز، سطح پاسخ، داکینگ، بهینه سازی
کلیدواژه ها (انگلیسی):Alzheimer , BACE-1 , Box-Behnken , Docking , Optimization
موضوعات :QV فارماکولوژی > QV 744 شیمی دارویی
بخش های دانشگاهی :دانشکده داروسازی > بخش شیمی دارویی
کد شناسایی :6073
ارائه شده توسط : دکتر نیما رزاقی اصل
ارائه شده در تاریخ :26 آبان 1393 05:36
آخرین تغییر :26 آبان 1393 05:36

فقط پرسنل کتابخانه صفحه کنترل اسناد

Document Downloads

More statistics for this item...