title

شناسایی و معرفی مهارکننده های نوکلئوپروتئین به عنوان عوامل ضد ویروسی تب کریمه کنگو با استفاده از غربالگری مجازی و تکنیک های محاسباتی طراحی دارو

سپهری, ساقی ، نصیرزاد, سحر (1399) شناسایی و معرفی مهارکننده های نوکلئوپروتئین به عنوان عوامل ضد ویروسی تب کریمه کنگو با استفاده از غربالگری مجازی و تکنیک های محاسباتی طراحی دارو. دکتری حرفه ای (پایان نامه) دانشگاه علوم پزشکی اردبیل.

متن کامل





[img]
پیش نمایش
متنی - گزارش نهایی طرح تحقیقاتی/ پایان نامه
11MB
[img]
پیش نمایش
متنی - گزارش نهایی طرح تحقیقاتی/ پایان نامه
11MB
[img] متنی - گزارش نهایی طرح تحقیقاتی/ پایان نامه
محدود به فقط پرسنل سامانه

7MB
[img] متنی - گزارش نهایی طرح تحقیقاتی/ پایان نامه
محدود به فقط پرسنل سامانه

5MB

آدرس اینترنتی رسمی : http://lib.arums.ac.ir

خلاصه فارسی

مقدمه تب کریمه کنگو یک بیماری خونریزی دهنده تب دار حاد است که توسط کنه ها منتقل می شود. برای درمان این بیماری در حال حاضر هیچ داروی تایید شده وجود ندارد اما داروی ریباورین به عنوان یک داروی ضد ویروسی می تواند مفید باشد. با توجه به نبود داروهای تایید شده و احتمال مقاومت ویروس به ریباورین، امروزه نیاز به پژوهش های گسترده ای برای کشف و طراحی داروهای موثر بر این بیماری نیاز است. در این مطالعه، ترکیبات با شباهت ساختاری گالیک اسید جمع آوری و با نوکلئوپروتئین تب کریمه کنگو داک شدند تا بهترین ترکیبات انتخاب شوند. مواد و روش ها در این پروژه، ساختار کریستالی نوکلئوپروتئین ویروس تب کریمه کنگو از بانک داده پروتئین به دست آمد. قبل از شروع غربالگری مجازی، کتابخانه داده ای براساس شباهت ساختاری 50% با گالیک اسید از پایگاه داده PubChem در فرمت SDF جمع آوری شد. بر روی 3000 ترکیب جمع آوری شده فیلترهای مختلف PyRx0.8، Rule of 5، ADMET و PASS انجام گرفت. در نهایت، به منظور آنالیز کیفی و کمی ترکیبات انتخاب شده شبیه سازی داکینگ مولکولی انجام شد. یافته ها از میان کل ترکیبات کتابخانه، 13 ترکیب توانستند کل فیلترها را با موفقیت بگذرانند. سپس داکینگ مولکولی ترکیبات انجام شد. در مرحله بعد، ترکیبات براساس انرژی آزاد اتصال و برهمکنشهای مختلف با اسیدهای آمینه جایگاه فعال مورد بررسی قرار گرفتند. چهار ترکیب با کدهای CID_8409، CID_65760، CID_5161 و CID_188481 به ترتیب با انرژی آزاد اتصال 9/32-، 9/10-، 8/65- و 8/56- کیلوکالری بر مول از مرحله داکینگ مولکولی به عنوان بهترین ترکیبات معرفی شدند. بحث و نتیجه گیری تمام 13 ترکیب تایید شده از فیلترهای مختلف، اثر مهارکنندگی نوکلئوپروتئین ویروس تب کریمه کنگو را نشان می دهند. با توجه به نتایج داکینگ ترکیبات و مقایسه آنها با ریباورین و گالیک اسید و همچنین مقالات قبلی، اسیدهای آمینه Ile304، Lys462، Gln457، Lys411، Gln303، His456، Ala469 و Ala302 به نظر می رسند برای برهمکنش با ترکیبات در جایگاه اتصال مهم و ضروری می باشند. با توجه به بررسی ها، برهمکنشهای هیدروژنی بهینه، هیدروفوب و π-کاتیون از برهمکنشهای مهم و ضروری می باشند

عنوان انگليسی

Identification and introduction of nucleoprotein inhibitors as antiviral agents of Crimean Congo fever using virtual screening and computational drug design techniques

خلاصه انگلیسی

Introduction Crimean Congo fever is an acute febrile hemorrhagic disease that it is transmitted by mites. There is currently no approved drug for this disease, but ribavirin as an antiviral drug can be useful. According to the lack of approved drugs and the possibility of virus resistance to ribavirin, today extensive research is needed discovery of drugs that are effective on this disease. In this study, compounds with structural similarity to galic acid were collected and docked with Crimean Congo fever nucleoprotein to select best compounds. Material and Method In this project, the crystal structure of Crimean Congo fever virus nucleoprotein was obtained from protein data bank. Prior to virtual screening, a library based on 50% structural similarity to galic acid was collected from the PubChem database in SDF format. The 3000 collected compounds crossing of different filters such as PyRx0.8, Rule of 5, ADMET and PASS. Finally, to performed qualitative and quantitative analysis of selected compounds molecular docking simulation was carried out. Results Among all compounds of library, thirteen compounds were able to pass successfully all filtrations.Thus, molecular docking of compounds was performed. at Next step, compounds were investigated based on free binding energy and different interactions with amino acids active site. Four compounds with codes of CID_8409, CID_65760, CID_5161 and CID_188481 have been selected with free binding energy of -9.32, -9.10, -8.65 and -8.56 kcal/mol, respectively as the best compounds from the molecular docking stage. Conclusion According to the docking results of the compounds and their comparison with ribavirin, gallic acid and previous articles, the amino acids Ile304, Lys462, Gln457, Lys411, Gln303, His456, Ala469 and Ala302 seemed to be important and necessary for interaction with compounds in the active site. According to evaluation, optimum hydrogen bonds, hydrophobic and π-cation seemed to be important and necessary.

نوع سند :پایان نامه (دکتری حرفه ای )
زبان سند : فارسی
استاد راهنما :ساقی سپهری
دانشجو :سحر نصیرزاد
کلیدواژه ها (فارسی):تب کریمه کنگو، گالیک اسید، غربالگری مجازی، داکینگ مولکولی
کلیدواژه ها (انگلیسی):Crimean congo fever, galic acid, virtual screening, molecular docking
موضوعات :WC بیماریهای واگیر
بخش های دانشگاهی :دانشکده داروسازی > بخش شیمی دارویی
دانشکده داروسازی > واحد پژوهش - پایان نامه های دفاع شده
کد شناسایی :14136
ارائه شده توسط : آقای فرهاد خدایی
ارائه شده در تاریخ :07 فروردین 1400 10:58
آخرین تغییر :07 فروردین 1400 10:58

فقط پرسنل کتابخانه صفحه کنترل اسناد

Document Downloads

More statistics for this item...