title

شناسایی مشتقات رزوراترول به عنوان عوامل مهارکننده ی آنزیم پروتئاز ویروسی تب کریمه کنگو توسط تکنیک غربالگری مجازی

سپهری, ساقی ، نامجوی, ریحانه (1400) شناسایی مشتقات رزوراترول به عنوان عوامل مهارکننده ی آنزیم پروتئاز ویروسی تب کریمه کنگو توسط تکنیک غربالگری مجازی. دکتری حرفه ای (پایان نامه) دانشگاه علوم پزشکی اردبیل.

متن کامل





[img]
پیش نمایش
متنی - گزارش نهایی طرح تحقیقاتی/ پایان نامه
6MB
[img]
پیش نمایش
متنی - گزارش نهایی طرح تحقیقاتی/ پایان نامه
5MB
[img] متنی - گزارش نهایی طرح تحقیقاتی/ پایان نامه
محدود به فقط پرسنل سامانه

4MB
[img] متنی - گزارش نهایی طرح تحقیقاتی/ پایان نامه
محدود به فقط پرسنل سامانه

4MB

آدرس اینترنتی رسمی : http://lib.arums.ac.ir

خلاصه فارسی

مقدمه: تب کریمه کنگو یک نوع بیماری مشترک بین حیوان و انسان است که به صورت ناگهانی شروع می شود و به شکل یک بیماری حاد تب‌دار و خون‌ریزی دهنده در می آید. هنوز هیچ دارو یا واکسن موثری علیه این ویروس مورد تایید قرار نگرفته است، هرچند تحقیقات در سطح جهانی در جریان است. ریباویرین یکی از داروهایی است که امیدواری زیادی را برای غلبه بر این ویروس در مطالعات نشان داده است، اما نگرانی هایی از جمله مقاومت دارویی در مورد آن نیز مطرح است. هدف از مطالعه حاضر بررسی ترکیبات شبه رزوراترول به عنوان ترکیبات کاندید علیه آنزیم پروتئاز ویروس تب کریمه کنگو با استفاده از روش غربالگری مجازی بر پایه ساختار بود. این آنزیم برای همانندسازی ویروس و متوقف کردن بیان اینترفرون حیاتی می باشد که این نقش را با فعالیت دیوبی کوئتینازی خود انجام می دهد. به این شکل که مولکول یوبی کوئیتون را از سوبسترا خود جدا کرده و مسیر سیگنالینگ پاسخ ایمنی را مهار می کند و محیط مناسب برای همانند سازی ویروس فراهم می شود. از این رو مهار این آنزیم می تواند نقش کلیدی در درمان این بیماری داشته باشد. مواد و روش ها: ساختار کریستالی آنزیم پروتئاز ویروس تب کریمه کنگو از پایگاه داده PDB بدست آمد. در مرحله بعد کتابخانه ای از ساختارهای شبه رزوراترول با شباهت 60 درصدی از پایگاه داده PubChem انتخاب شدند. فیلتر های مختلفی اعم ازPyRx0.8 ، Rule of 5 وADMET بر روی 3000 ترکیب جمع آوری شده اعمال شد. از بین این ترکیبات، 660 ترکیب توسط نرم افزار PyRx0.8 فیلتر شدند. در مرحله بعد، از میان ترکیبات فیلتر شده، 293 ترکیب خواص داروهمانندی مناسبی نشان دادند. با بررسی خواص فارماکوکینتیکی ترکیبات راه یافته به این مرحله، هفت ترکیب از فیلتر مذکور انتخاب شدند. در نهایت هفت ترکیب باقی مانده مورد بررسی آنالیز کیفی و کمی توسط داکینگ مولکولی قرار گرفتند. یافته ها: از بین کل ترکیبات به دست آمده 7 ترکیب از فیلتر های مذکور عبور کردند و با داکینگ مولکولی ارزیابی شدند. انرژی آزاد اتصال و برهمکنش های مختلف با اسید آمینه های آنزیم پروتئاز بررسی شدند. نتایج داکینگ مولکولی نشان داد که ترکیب های CID_87367309،CID_14496911 ، CID_14483972وCID_87367276 به ترتیب دارای انرژی آزاد اتصال 6/83 -، 6/75- ، 6/68 – و43/ 6– کیلو کالری بر مول بودند که به عنوان بهترین ترکیبات در این مطالعه معرفی شدند. آمینو اسید های ضروری و مهم در اتصال ترکیبات به آنزیم پروتئاز Arg72, Arg74, Gln40, Asp39, Val82 بودند. نتیجه گیری: به طور کلی 7 ترکیب انتخاب شده قدرت اتصال بالا به آنزیم پروتئاز ویروس کریمه کنگو داشتند و از میان آنها، ترکیب CID_87367309 بالاترین انرژی آزاد اتصال را به این آنزیم را نشان داد. می توان نتیجه گرفت که پیوند هیدروژنی، برهمکنش های هیدروفوب و π-کاتیون احتمالاً برای اتصال به جایگاه فعال آنزیم مهم باشند.

عنوان انگليسی

Identification of resveratrol derivatives as protease enzyme inhibitor agents of the Crimean Congo fever by virtual screening technique

خلاصه انگلیسی

Introduction: Crimean Congo fever is a common disease between animals and humans that suddenly begins in the form of an acute febrile illness and bleeding. No effective drug or vaccine has been approved against the virus yet, although research is ongoing worldwide. Ribavirin is one of the promising drugs overcoming virus according to studies, but there are also concerns about it, including drug resistance. The aim of the present study was to screen resveratrol-like compounds as candidates against protease enzyme of Crimean Congo fever virus using structure-based virtual screening method. This enzyme is critical for viral replication and suppressing of Interferon expression.Therefore,inhibition of this enzyme can play a key role in treatment of this disease. Materials and Methods: The crystal structure of Crimean Congo fever virus protease enzyme obtained from PDB database. Next, a library of resveratrol-like structures with 60% similarity was selected from the PubChem database. Various filters including PyRx0.8, Rule of 5 and ADMET were applied on 3000 collected compounds. Among these library ,660 compounds was filtered by PyRx0.8. Then, Rule of 5 filtered 293 compounds which was entered in ADMET server. Finally, the 7 output compounds of the filters were analyzed using molecular docking. Results: Among the total compounds obtained, 7 compounds passed through the mentioned filters and were evaluated by molecular docking. Free binding energies and various interactions with protease amino acids were investigated. The results of molecular docking showed that the compounds CID_87367309, CID_14496911, CID_14483972and CID_87367276 had free binding energy of -6.83, -6.75 ,-6.68 and -6.43 (Kcal/mol) respectively as the best binders were introduced in this study. Essential and important amino acids in the binding of compounds to protease enzyme were Arg72, Arg74, Gln40, Asp39, Val82. Conclusion: In general, 7 compounds which had the highest affinity to Crimean-Congo virus protease enzyme and CID_87367309 was the best binder among others. It can be concluded that hydrogen bonding, hydrophobic interactions and -π cation may be important and necessary for binding to the active site of the enzyme.

نوع سند :پایان نامه (دکتری حرفه ای )
زبان سند : فارسی
استاد راهنما :ساقی سپهری
دانشجو :ریحانه نامجوی
کلیدواژه ها (فارسی):ویروس تب کریمه کنگو، رزوراترول، غربالگری مجازی، داکینگ مولکولی
کلیدواژه ها (انگلیسی):Crimean Congo Fever Virus, Resveratrol, Virtual Screening, Molecular Docking
موضوعات :QV فارماکولوژی
بخش های دانشگاهی :دانشکده داروسازی > بخش شیمی دارویی
دانشکده داروسازی > واحد پژوهش - پایان نامه های دفاع شده
کد شناسایی :15204
ارائه شده توسط : آقای فرهاد خدایی
ارائه شده در تاریخ :13 بهمن 1400 10:09
آخرین تغییر :13 بهمن 1400 10:09

فقط پرسنل کتابخانه صفحه کنترل اسناد

Document Downloads

More statistics for this item...