title

معرفی مشتقات فلاونوییدی به عنوان عوامل مهارکننده نوکلئوپروتئین ویروس تب کریمه کنگو با استفاده از تکنیک غربالگری مجازی

سپهری, ساقی ، سجادیان, کیمیا (1400) معرفی مشتقات فلاونوییدی به عنوان عوامل مهارکننده نوکلئوپروتئین ویروس تب کریمه کنگو با استفاده از تکنیک غربالگری مجازی. دکتری حرفه ای (پایان نامه) دانشگاه علوم پزشکی اردبیل.

متن کامل





[img]
پیش نمایش
متنی - گزارش نهایی طرح تحقیقاتی/ پایان نامه
7MB
[img]
پیش نمایش
متنی - گزارش نهایی طرح تحقیقاتی/ پایان نامه
7MB
[img] متنی - گزارش نهایی طرح تحقیقاتی/ پایان نامه
محدود به فقط پرسنل سامانه

5MB
[img] متنی - گزارش نهایی طرح تحقیقاتی/ پایان نامه
محدود به فقط پرسنل سامانه

13MB

آدرس اینترنتی رسمی : http://lib.arums.ac.ir

خلاصه فارسی

مقدمه: تب خونریزی‌دهنده کریمه-کنگو یک بیماری حاد تب‌دار و خون‌ریزی دهنده است که از طریق گزش کنه یا تماس با خون، ترشحات و یا لاشه دام و انسان آلوده منتقل می‌شود. علیرغم تلاش‏های گسترده تاکنون هیچ داروی تایید شده ای علیه این بیماری وجود ندارد. با این وجود گزارش هایی در مورد تاثیر ریباویرین علیه این ویروس منتشر شده است. نوکلئوپروتئین ویروس تب کریمه کنگو نقش کلیدی در محافظت از ژنوم و بیماری زایی آن دارد. از این رو تلاش ها جهت یافتن داروهای موثر در حال جریان است. هدف از مطالعه حاضر بررسی ترکیبات برپایه اسکلت اصلی فلاونوئیدی به عنوان ترکیبات کاندید ضد ویروس تب کریمه کنگو با استفاده از روش غربالگری مجازی بر پایه ساختار است. مواد و روش ها: ساختار کریستالی نوکلئوپروتین با کد 4aqf، از پایگاه داده PDB بدست آمد. در مرحله بعد کتابخانه ای از ساختارهای برپایه اسکلت اصلی فلاونوئیدی و شباهت 50 درصدی از پایگاه داده ZINC تشکیل شدند. فیلتر‏های مختلفی اعم از داکینگ اولیه، خواص داروهمانندی و بررسی ویژگی‏های فارماکوکینتیک بر روی 1808 ترکیب جمع آوری شده اعمال شد. در نهایت ترکیبات خروجی از فیلترهای مورد نظر تحت آنالیزهای کیفی و کمی قرار گرفتند. یافته ها: از بین کل ترکیبات به دست آمده 10 ترکیب از فیلتر‏های مختلف عبور کردند و توسط داکینگ مولکولی ارزیابی شدند. نتایج داکینگ مولکولی نشان داد که ترکیب‏های ZINC_1620498، ZINC_4073414، ZINC_11770455 و ZINC_11849127 به ترتیب دارای انرژی آزاد اتصال 8/22 -، 8/18-، 8/60- و 8/23- کیلوکالری بر مول بودند که به عنوان بهترین ترکیبات در این مطالعه معرفی شدند. نتیجه گیری: به طور کلی 10 ترکیب خارج شده از فیلترهای ذکر شده براساس نتایج بدست آمده دارای قدرت اتصال بالایی به نوکلئوپروتئین ویروس کریمه کنگو بودند که بهترین ترکیب ZINC_11770455 بود. نتایج نشان داد که پیوندهای هیدروژنی در حد مناسب و برهمکنشهای هیدروفوب در اتصال ترکیبات به نوکلئوپروتئین بیشترین نقش را داشتند. با توجه به نتایج آمینو اسید‏های احتمالاً پر اهمیت در اتصال ترکیبات به نوکلئوپروتئین Ala302، Met375، Gln303، Ala469، Lys462، Gln457، His456، Ile304، Thr381، Lys411، Ile448 و Ser386 پیشنهاد می گردد، که دقیقا همین آمینواسید ها در مطالعات قبلی هم با احتمال بالا به عنوان آمینواسید‏های مهم ذکر شده اند

عنوان انگليسی

Introduction of flavonoid derivatives as crimean congo haemorrhagic fever virus nucleoprotein inhibitor agents using virtual screening technique

خلاصه انگلیسی

Introduction: Crimean-Congo hemorrhagic fever is an acute febrile and hemorrhagic disease that is transmited through bit of tick, connection with blood, secretions, carcasses of infected animals and humans. Despite extensive efforts, there is no approved drug against this disease. However the effect of ribavirin on this virus have been reported. The nucleoprotein plays a key role in the protection of virus genome. Therefore, efforts are underway to find effective drugs. The goal of this study is evaluation of flavonoid-like compounds as candidate antiviral compounds against Crimean Congo fever viral using the structure-base virtual screening method. Materials and Methods: The crystal structure of the Crimean Congo fever virus nucleoprotein (4aqf) was obtained from the PDB bank. Next, a library of flavonoid-like structures with 50% similarity from the ZINC database was formed. Various filters, including primary docking scores, drug-likeness properties, and evaluation of pharmacokinetic properties, were applied on the collected 1808 compounds. Finally, the output compounds from the filters underwent qualitative and quantitative analyzes. Results: Among all the obtained compounds, ten compounds were passed through diffrent filters and were evaluated by molecular docking. The results of molecular docking showed that compounds ZINC_1620498, ZINC_4073414, ZINC_11770455, and ZINC_11849127 had free binding energies -8.60, -8.23, -8.22 and -8.18, Kcal/mol, respectively which were introduced as the best compounds in this study. Important amino acids in the binding of compounds to nucleoproteins might be Ala302, Met375, Gln303, Ala469, Lys462, Gln457, His456, Ile304, Thr381, Lys411, Ile448 and Ser386. Conclusion: In general, among the ten compounds that were obtained from different virtual screening filters, one of them with the code ZINC_11770455 had highest affinity to Crimean-Congo fever virus nucleoprotein. The results showed that hydrophobic and hydrogen bonds played the most important role in the interactions. Further studies have suggested that a series of amino acids, such as Ala302, Met375, Gln303, Ala469, Lys462, Gln457, His456, Ile304, Thr381, Lys411, Ile448 and Ser386 may play an important role in binding to the virus nucleoprotein, which has been reported in previous studies.

نوع سند :پایان نامه (دکتری حرفه ای )
زبان سند : فارسی
استاد راهنما :ساقی سپهری
دانشجو :کیمیا سجادیان
کلیدواژه ها (فارسی):ویروس تب کریمه کنگو، فلاوئونید، غربالگری مجازی، داکینگ مولکولی
کلیدواژه ها (انگلیسی):Crimean Congo Fever Virus, Flavonoids, Virtual Screening, Molecular Docking
موضوعات :QV فارماکولوژی
بخش های دانشگاهی :دانشکده داروسازی > بخش شیمی دارویی
دانشکده داروسازی > واحد پژوهش - پایان نامه های دفاع شده
کد شناسایی :15205
ارائه شده توسط : آقای فرهاد خدایی
ارائه شده در تاریخ :13 بهمن 1400 10:09
آخرین تغییر :13 بهمن 1400 10:09

فقط پرسنل کتابخانه صفحه کنترل اسناد

Document Downloads

More statistics for this item...