title

بررسی مشتقات تتراهیدروپیریمیدین و دی هیدروپیریدینی به عنوان مهارکننده های احتمالی آنزیم پتریدین ردوکتاز 1 لیشمانیا توسط تکنیک غربالگری مجازی

سپهری, ساقی ، حمدی آروق, جاوید (1401) بررسی مشتقات تتراهیدروپیریمیدین و دی هیدروپیریدینی به عنوان مهارکننده های احتمالی آنزیم پتریدین ردوکتاز 1 لیشمانیا توسط تکنیک غربالگری مجازی. دکتری حرفه ای (پایان نامه) دانشگاه علوم پزشکی اردبیل.

متن کامل





[img]
پیش نمایش
متنی - گزارش نهایی طرح تحقیقاتی/ پایان نامه
10MB
[img]
پیش نمایش
متنی - گزارش نهایی طرح تحقیقاتی/ پایان نامه
10MB
[img] متنی - گزارش نهایی طرح تحقیقاتی/ پایان نامه
محدود به فقط پرسنل سامانه

8MB
[img] متنی - گزارش نهایی طرح تحقیقاتی/ پایان نامه
محدود به فقط پرسنل سامانه

7MB

آدرس اینترنتی رسمی : htpp://lib.arums.ac.ir

خلاصه فارسی

بیماری لیشمانیا یک بیماری مشترک بین انسان و حیوان است و عامل ایجاد آن انگل لیشمانیا می‌باشد. سالانه نزدیک به 2 میلیون نفر به این بیماری مبتلا می‌شوند و حدود 20 الی 50 هزار نفر جان خود را بر اثر این بیماری از دست می‌دهند. داروهای موجود برای درمان این بیماری به عنوان مثال ترکیبات پنج ظرفیتی آنتیموان (پنتاستوم و گلوكانتيم)، فلوکونـازول و پنتامیـدین به علت عوارض جانبی بالا و ایجاد مقاومت کمتر مورد استفاده قرار می‌گیرند به همین دلیل محققین به دنبال دارو‌‌‌‌‌های جدید برای درمان این بیماری می باشند که یکی از راه های توسعه دارویی بر پایه مهار آنزیم پتریدین ردوکتاز یک می‌باشد. آنزیم پتریدین ردوکتاز یک باعث ایجاد مقاومت لیشمانیا نسبت به داروها می‌شود که مهار آن می‌تواند در از بین بردن انگل مفید باشد. روش کار در این پروژه، ساختار سه بعدی آنزیم پتریدین ردوکتاز یک، از بانک اطلاعات پروتئین (PDB: 5l42 کد) دانلود شد. کتابخانه‌ای از ترکیبات با اسکلت اصلی دی هیدروپیریمیدین و دی هیدروپیریدین در قالب فایل SDF از پایگاه داده PubChem تشکیل گردید. سپس بر روی ترکیبات جمع آوری شده فیلترهای مختلف PyRx0.8، Rule of 5وADMET انجام گرفت. در نهایت، شبیه‌سازی داکینگ مولکولی برای شناسایی برهم‌کنش‌های مولکول‌ها در جایگاه فعال آنزیم پتریدین ردوکتاز یک انجام شد. یافته ها از میان 2283 ترکیب موجود در کتابخانه 17 ترکیب توانستند از همه فیلترهای ذکر شده با موفقیت عبور کنند. در مرحله بعد روی ترکیبات فیلتر شده داکینگ مولکولی انجام شد. از بین 17 ترکیبات داک شده 4 ترکیب با کد CID_2853835، CID_9922877، CID_14855110 و CID_54491507 به ترتیب با انرژی اتصال 10/03-، 9/71-، 9/63- و 9/44- کیلوکالری برمول بیشترین انرژی اتصال را در بین ترکیبات داشتند. بحث و نتیجه گیری بر اساس نتایج داکینگ مولکولی و مقایسه آنها با ترکیب مونسترول، لیگاند کوکریستال 6j6 و مقالات مرتبط گذشته، این نتیجه حاصل شد که اسیدآمینه‌های Ser111،Asn109 ،Arg17 ،Tyr194 ،Leu18 ،Ser227 ،Phe113 ، Asp181 و Lys198 اهمیت بالاتری از نظر اتصال ترکیبات با جایگاه فعال آنزیم پتریدین ردوکتاز یک نسبت به سایر اسیدآمینه ها دارند. همچنین اسیدآمینه‌هایPro187 ، Glu186، Gly13،Lys16 ،Ala110 و Leu 229 نیز نسبت به سایر اسیدآمینه‌ها از اهمیت کمتری برخوردارند. باتوجه به بررسی های صورت گرفته، پیوند‌های هیدروفوب و هیدروژنی از برهمکنش‌های مهم و ضروری می‌باشند و برهمکنش های π - π و کاتیون π- از درجه اهمیت پایین تری برخوردار هستند.و از ترکیبات نهایی، چهارترکیب CID_2853835، CID_9922877،CID_14855110 و CID_54491507 به ترتیب بیشترین انرژی اتصال با جایگاه اتصال آنزیم را در بین ترکیبات منتخب داشتند.

عنوان انگليسی

Evaluation of tetrahydropyrimidine and dihydropyridine derivatives as possible inhibitors of pteridine reductase 1 enzyme of a Leishmania by virtual screening technique

خلاصه انگلیسی

Leishmania is a common disease between humans and animals and is caused by the parasite Leishmania. Nearly 2 million people are infected with the disease each year, and about 20,000 to 50,000 people die from the disease. Existing drugs for the treatment of this disease, such as pentavalent compounds of antimony (pentastom and glucantime), fluconazole and pentamidine are used due to high side effects and less resistance, so researchers are looking for new drugs based on inhibition of pteridine reductase 1 The enzyme pteridine reductase I causes Leishmania resistance to drugs, the inhibition of which can be useful in killing the parasite. Material and Method In this project, the three-dimensional structure of pteridine reductase 1 was downloaded from the protein database (PDB: code 5l42). A library of compounds with the main skeleton of dihydropyrimidine and dihydropyridine was downloaded as an SDF file from the PubChem database. Different filters of PyRx0.8, Rule of 5 and ADMET were performed on the collected compounds. Finally, molecular docking simulations were performed to identify the interactions of the molecules at the active site of the pteridine reductase 1 enzyme. Results Out of 2283 combinations in the library, 17 combinations were able to pass all the mentioned filters successfully. In the next step, molecular docking was performed on the filtered compounds. Out of 17 docked compounds, 4 combinations with codes CID_2853835, CID_9922877, CID_14855110 and CID_54491507 with binding energy of -10.03, -9.71, -9.63 and -9.44 kc.m, respectively, have the highest binding energy among the compounds. And were selected and introduced. Conclusion Based on the results of molecular docking and their comparison with Monstrol, Cocrystal ligand 6j6 and related related articles, it was concluded that the amino acids Ser111, Asn109, Arg17, Tyr194, Leu18, Ser227, Phe113, Asp181 and Lys198 are more important in terms of complex formation. Compounds with the active site of the enzyme pteridine reductase have one more than other amino acids. Also, the amino acids Pro187, Glu186, Gly13, Lys16, Ala110 and Leu 229 are less important than other amino acids. According to the studies, hydrophobic and hydrogen bonds are important and necessary interactions and π-π and π-cation interactions are of lower importance.

نوع سند :پایان نامه (دکتری حرفه ای )
زبان سند : فارسی
استاد راهنما :ساقی سپهری
دانشجو :جاوید حمدی آروق
کلیدواژه ها (فارسی):پتریدین ردوکتاز یک، مونسترول، غربالگری مجازی، داکینگ مولکولی
کلیدواژه ها (انگلیسی):Pteridine reductase one, Monsterol, Virtual screening, Molecular docking
موضوعات :QV فارماکولوژی
بخش های دانشگاهی :دانشکده داروسازی > بخش شیمی دارویی
دانشکده داروسازی > واحد پژوهش - پایان نامه های دفاع شده
کد شناسایی :16047
ارائه شده توسط : آقای فرهاد خدایی
ارائه شده در تاریخ :09 شهریور 1401 13:45
آخرین تغییر :09 شهریور 1401 13:45

فقط پرسنل کتابخانه صفحه کنترل اسناد

Document Downloads

More statistics for this item...