شناسايي فنوتيپيک و ژنوتيپيک آنزيم هاي کارباپنماز در E. coli‌ های ايزوله شده از عفونت‌های ادراری بدست آمده از بیماران مراجعه کننده به بیمارستانهای وابسته به دانشگاه علوم پزشکی اردبیل، سال 1396

خلاصه فارسی

سابقه و هدف: عفونت مجاری ادراری یکی از عفونت‌های شایع بخصوص در دستگاه مجاری ادراری فوقانی می‌باشد. با توجه به اهمیت باکتری‌های یوروپاتوژنیک و شیوع آن در کودکان، مقاومت این ارگانیسم‌ها به بتالاکتاماز‌ها به یکی از مسائل مهم در دنیا تبدیل شده است. بیشترین شیوع باکتری در عفونت ادراری به اشرشیا کلای و کلبسیلا پنومونیه تعلق دارد. بتالاکتامازهایی که کارباپنم ها را هیدرولیز می کنند٬ بتالاکتامازهای قدرتمندی هستند که می توانند تقریبا همه ی بتالاکتام ها را هیدرولیز کنند. با توجه به انتقال افقی ژن‌های مقاومت از جمله کارباپنمازها بین باکتری‌ها وهمچنین‚ با توجه به نقش اشرشیا کلای در ایجاد عفونت‌های ادراری در بیمارستان‌ها و جامعه‚ اهمیت این مسئله ما را بر آن داشت که مطالعه حاضر را انجام دهیم. مواد و روش ها: به مدت 6 ماه نمونه ادرار افراد مراجعه کننده و دارای عفونت ادراری به بیمارستان‌های آموزشی اردبیل، به همراه اطلاعات جمع آوری شده مانند اطلاعات مربوط به فاکتورهای زمینه ساز مرتبط با مقاومت به کارباپنم ها، از بیماران واجد شرایط، جمع آوری شد. پس از تشخیص قطعی نمونه ها (n=200) به عنوان E. coli٬ جهت غربالگری اولیه باکتری های مقاوم به کارباپنم٬ تست های تعیین حساسیت آنتی بیوتیکی صورت گرفتند. به منظور شناسایی آنزیم های کارباپنماز به روش های فنوتیپی٬ تست های CIM و Carba NP انجام شدند و به روش ژنوتیپی تست PCR برای هر کدام از ژن ها انجام شد. جهت تعیین ارتباط کلونال بین سویه هایی که مقاوم به کارباپنم بودند٬ ERIC-PCR انجام گرفت. همچنین به منظور تعیین فراوانی کلون O25-ST131٬ برای همه ی نمونه های جمع آوری شده٬ PCR انجام شد و جهت اطمینان از نتایج٬ با استفاده از محصول PCR چندین نمونه٬ تعیین توالی صورت گرفت. یافته ها: طی بررسی‌های انجام شده به روش آنتی بیوگرام، 33% مقاوم و 64% حساس و 3% نیمه حساس به آنتی بیوتیک ایمی پنم و 100% نمونه‌ها حساس به آنتی بیوتیک مروپنم بودند همچنین طبق نتایج MIC، 37% از نمونه‌ها مقاوم و 57% حساس و 6% نیمه حساس نسبت به آنتی بیوتیک ایمی پنم گزارش شد. در این مطالعه‚ وجود ژن‌های مقاومت آنتی بیوتیکی ( KPC‚ NDM‚ IMP‚ OXA ) با روش PCR به اثبات نرسید و ایجاد مقاومت با سایر مکانیسم‌های مقاومتی مثل کاهش نفوذ پذیری، تغییر پروتئین هدف و ... در باکتری را نشان می‌دهد. 100% نمونه هایی که فاقد ژن‌های کارباپنماز بودند در تست‌های CIM و Carba NP test نتایج منفی داشتند. نتایج PCR ژن O25-ST131 نشان دهنده ی فراوانی 99 درصدی این کلون در بین E. coli‌ های جمع آوری شده بود. با نتایج بدست آمده از ERIC-PCR که برای سویه‌های مقاوم به کارباپنم انجام شده بود مشخص شد که استرین‌ها در 39 کلاستر با درصد تشابه 80، طبقه بندی می‌شوند. نتیجه گیری: نتایج بدست آمده از تحقیق ما نشان داد که مقاومت به ایمی پنم در منطقه ی مورد مطالعه در حد قابل توجهی بالا است؛ و به دلیل عدم ردیابی ژن های کارباپنماز، می توان گفت مقاومت به دلیل موتاسیون هایی است که باعث کاهش نفوذ دارو به ارگانیسم و یا افزایش خروج آن می شوند. و براساس فراوانی ایزوله های انتروباکتریاسه های جمع آوری شده می توان گفت اشرشیا کلای بیشترین عامل عفونت ادراری در بین نمونه های بدست آمده از بیمارستان های شهرستان اردبیل، در بین بیماران دارای عفونت ادراری می باشد.

عنوان انگليسی

The phenotypic and genotypic identification of carbapenemase producing Escherichia coli isolates from patients with urinary tract infections, referring to Ardabil University of Medical Sciences affiliated hospitals, in 2017

خلاصه انگلیسی

Background and Objective: Urinary tract infection (UTI) is one of the most prevalent infectious along with upper respiratory tract infection. Due to the importance of uropathogenic bacteria in the advancement of life-threatening infections in children, resistance to extended-spectrum-beta-lactamase (ESBLs) is the most significant health problems. Beta-lactamases that hydrolyze carbapenems are potent beta-lactamases that can hydrolyze almost all of the β-lactams. Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae are the most consistent among the bacteria implicated in UTI. Methods: Urine samples (early morning mid-stream) for 6 months in hospitals affiliated to Ardabil University of Medical Science along with gathering social and demographic characteristics like gender, age, residency, and special disease from eligible patients. we conducted an empirical study to determine the MIC and resistance pattern to carbapenems in E. coli isolates(n=200). In order to detect carbapenemases by phenotypic methods, CIM and Carba NP tests were performed and genotypic PCR assay was performed. ERIC-PCR was performed to determine the clonal relationship between strains resistant to carbapenem. In order to determine the frequency of O25-ST131 clone, a PCR was performed for all samples collected, and sequencing was performed using multiple PCR product assays to ensure results. Results: According to Antibiogram results, 33% were resistant, 3% were intermediate and 64% were imipenem sensitive. According to MIC through the imipenem utilization, 37% of the samples were resistant, 6% intermediate and 57% sensitive. 100% of samples that did not have carbapenemase genes, in the CIM and Carba NP test, had negative results. In this study, genes encoding antibiotic resistance were not proved by the PCR method; however, factors such as permeability, efflux pump and ... are playing an important role in carbapenem resistance. ERIC-PCR method was used to determine the molecular association of isolated bacteria and became clear that the strains are classified in the 39 cluster with a similarity percentage of 80. By performing PCR, it was found that among the collected samples, O25-ST131 clone prevalence is 99%. Conclusion: The results of our study showed that Escherichia coli is the most common cause of urinary tract infection among urine samples collected from hospitals in Ardabil city. Also, the data obtained from our study are consistent with the results of other studies in Iran.

Document Downloads