بررسی داکینگ داروهای مجوزدار غیر ویروسی به منظور دستیابی به مهارکننده های جدید ورود و تکثیر ویروس ابولا

خلاصه فارسی

زمینه و هدف: به دلیل قدرت و شیوع بالای عفونتزایی و عدم داروی مناسب ویروس ابولا طی سالهای اخیر، پژوهشهایی در خصوص کشف و معرفی داروهای ضد ابولا انجام شده است. هدف از این پژوهش بررسی بیوانفورماتیکی مهار ورود و تکثیر ویروس ابولا توسط داروهای مجوزدار غیر ویروسی است. مواد و روشها: این پژوهش به روش توصیفی- تحلیلی انجام گرفت. برای انجام این بررسی بیوانفورماتیکی، در ابتدا ساختار شیمیایی ترکیبات با استفاده از انتقال یافت. مطالعات داکینگ بهوسیله نرمافزار Hyperchem ترسیم شد سپس به منظور بهینه سازی انرژی، به نرمافزار 8 ChemDraw Ultra نرمافزار 10.0 انجام شد و در مرحله نهایی، مورد آنالیز و تجزیه وتحلیل قرار گرفت. AutoDock4.2 می باشند. در π- و کاتیون π-π ، نتایج: یافته های مطالعه حاضر نشان داد که پیوندهای درگیر در اتصال دارو با گیرنده ها، پیوند هیدروژنی، اتصالات هیدروفوبی میان تمام ترکیبات مورد مطالعه، بهترین نتایج داکینگ مربوط به داروهای آمودیاکین، دیفنوکسیلات و کلروکینون است. در حقیقت این سه دارو با منفی ترین دارند. ضعیف ترین نتایج داکینگ مربوط به دو داروی VP و 40 GP سطح انرژی اتصال تمایل بیشتری برای اتصال به اسیدهای آمینه جایگاه اتصال پروتئین های دیریترومایسین و اریترومایسین است زیرا هیدروفیلیسیته این دو دارو بسیار زیاد است. به طورکلی، وجود بخش های هیدروفوب، آمین نوع سوم و پیوندهای هیدروژنی بهینه باعث افزایش قدرت ضد ابولای داروها می شود. نتیجه گیری: بر اساس نتایج بهدست آمده از مطالعات بیوانفورماتیکی، تمام داروها تأثیرات مهاری خوبی را در جایگاه اتصال گیرنده ها از خود نشان می دهند و میتوانند به عنوان مهارکننده های مؤثر ورود و تکثیر ویروس ابولا مطرح شوند.

عنوان انگليسی

Molecular Docking Study of Anti-viral FDA-approved Drugs as Novel Entry and Replication Ebola Viral Inhibitors

خلاصه انگلیسی

Background & Objective: Because of the reported high ability of virulence and the lack of appropriate drug of Ebola virus during the last decades, many investigations have been accomplished regarding discovery and the introduction of anti-Ebola drugs. The aim of this research was the bioinformatical study of entry and replication of Ebola viral inhibition by drug repurposing. Materials & Methods: It is a descriptive-analytic study. In order to investigate the mode of interaction of the compounds with GP and VP40 binding sites, the chemical structures of allcompounds were designed using ChemDraw program, then were transferred into Hyperchem software for energy minimization. Molecular docking simulation was accomplished using AutoDock 4.2 program. Results: Docking results revealed the hydrophobic, hydrogen bond, π-π and π-cation contacts were involved in the drug-protein interactions. Among all the studied drugs, the best docking results were related to Amodiaquine and Diphenoxylate drugs displayed. Actually, this compounds had the most negative ΔGbinding that indicated suitable modes and favorable interactions with the amino acid residues at the binding site of GP and VP40. The weakest docking results were exhibited for Dirithromycin and Erythromycin drugs due to the high hydrophilic character of them. In general, the presence of hydrophobic portions, tertiary amines, and optimal hydrogen bonds increases the strength of anti-Ebola medications. Conclusion: According to the results of the molecular docking, the entire FDA-approved drugs revealed a good inhibition effect on entry and replication Ebola viral.

Document Downloads